一、果树之间的互相伤害。核桃与苹果混栽，核桃树分泌的核桃醌会伤害相邻的苹果树。
二、果树树种不同，对水的需求也不同，因水而死树。如在梨园里补栽桃树，因梨树比桃树需水量多，按梨树需水情况浇水，结果导致桃树陆续死亡。如果顾及桃树而不给果园浇水，梨树也长不好。
三、加重果树某些病虫害的发生。桃和梨树混栽，梨小食心虫以桃、梨互为寄主，易造成梨小食心虫的大发生。苹果和桃混栽，会加重根腐病、轮纹病、炭疽病的发生。苹果和梨混栽，长期潜伏在梨树上的果锈病原体会引起苹果锈果病。
四、果树之间施药的矛盾。波尔多液是苹果和梨树较常使用的防病药剂。但桃树对波尔多液却非常敏感，生长期不能使用该药。若苹果或梨园混栽桃树，因苹果或梨树喷施波尔多液不可避免地要飘散到桃树上，从而导致桃树药害。另外各种果树病虫害发生的种类不同、程度和时间各异，用药就会有所不同。该喷药的树种在喷药时，不该喷药的树种因飘散被动施药，加速害虫病菌产生抗药性和伤害天敌。
鉴于此，在同一块田内应以栽一个果树树种为宜，以免互相影响，事倍功半。
